Sau khi hai bên đoạn tuyệt quan hệ ngoại giao, ngày 15 tháng 9 Hàn Quốc phái đoán sứ giả gồm tám người sang Đài Loan, trong đó có cựu Chủ tịch Quốc hội Kim Jae-soon và cựu Thủ tướng Chung Il-kwon, ngoài việc bày tỏ lấy làm tiếc, còn trao đổi ý kiến về cùng quan tâm như cấu trúc quan hệ song phương[38]:563, song phía Hàn Quốc đối với vấn đề cơ quan đại diện sẽ thiết lập trong tương lai lại kiên quyết không sử dụng quốc hiệu "Trung Hoa Dân Quốc" mà chỉ sử dụng "Đài Bắc", hai bên do đó không thể đạt tới hiệp định cụ thể[38]:97. Trước khi đạt được hiệp định, đại sứ quán Trung Hoa Dân Quốc tại Hàn Quốc trước đây tạm sử dụng danh nghĩa "văn phòng thu chuyển giấy phép Hoa kiều đến Hàn Quốc" để duy trì nghiệp vụ lãnh sự tại Hàn Quốc[38]:610.

Tháng 12 năm 1992, Roh Tae-woo kết thúc nhiệm kỳ tổng thống, chính phủ Kim Young-sam kế nhiệm tiếp tục hiệp thương với phía Đài Loan, khác biệt về nhận thức giữa hai bên về vấn đề chung ngày càng ít đi[38]:97. Ngày 23 tháng 7 năm 1993, sau một năm hiệp thương, hai bên ký kết "Hiệp định cơ cấu quan hệ mới", đồng ý lập cơ quan đại diện trên lãnh thổ của nhau, đồng thời khôi phục hợp tác song phương về các mặt như kinh tế, văn hoá và học thuật. Ngày 2 tháng 10 năm 1993, Đài Loan mở "Phái đoàn Đại diện Đài Bắc tại Hàn Quốc" có chức năng của đại sứ quán tại Seoul, đến ngày 25 tháng 1 năm 1994 bắt đầu hoạt động. Ngày 28 tháng 12 năm 2004, Đài Loan lập văn phòng Busan của đoàn đại diện, bắt đầu hoạt động từ ngày 31 tháng 1 năm 2005, nhằm tăng cường quan hệ hợp tác giao lưu với chính quyền địa phương miền nam Hàn Quốc[39]:90[40][41][42]. Ngày 25 tháng 11 năm 1993, phía Hàn Quốc cũng thành lập "Phái đoàn Đại diện Hàn Quốc tại Đài bắc" có tính chất tương tự'[42][43]